Ya que está el tema abierto pues vale. Se postean dudas y soluciones, pero por favor especificad el Sistema Operativo.
Supongo que utilizarás Windows XP (Si utilizaras Linux esta duda sería más sencilla)
Das click derecho a la carpeta deseada. Entras en propiedades y entras en la pestaña de compartir. Ahí estableces la carpeta como elemento privado.
Ya está. Ahora solo se tendrá acceso a ella si estás en esa sesión. (Aviso, creo que si tu cuenta no es de administrador, el administrador podrá seguir entrando en ella, pero no estoy 100% seguro ya que yo siempre soy el administrador, pruebalo y me comentas

)
Personalmente en windows lo veo muy mal diseñado y un engorro. A mi por lo menos me ha dado algunos problemas.
Si tu pregunta es respecto a Linux u otro S.O. vuelve a hacerla y contestaré de nuevo.
Un saludo y espero haber ayudado.
Editado: Vaya se me adelantó Drake
Respecto a tu duda no lo entiendo muy bien. Supongo que usaras windows, ¿antes de formatear la detectaba y ahora no?
¿Está bien conectada a la placa?
¿Has mirado en el administrador de dispositivos si detecta algún componente no reconocido?
Si has echo todo esto incluso has probado bajandote los drivers de la tarjeta y ni por esas. Solo se me ocurren dos cosas. Formateo de nuevo... o ponerte en contacto con el fabricante para ver que te recomienda.